Bei uns lernen Erst- und Zweitklässler gemeinsam, mit- und voneinander in einem Raum und bei einer Klassen- oder Fachlehrerin. Dabei knüpft jedes Kind an seinem Wissensstand und sein Leistungsvermögen an. Das praktizierte Helfer – und Patensystem fördert in besonderem Maße das soziale Miteinander und soziales Lernen. Selbstständiges Lernen ist von Anfang an ein wesentlicher Bestandteil des täglichen Unterrichts. Kinder, die drei Jahre in der Eingangsstufe verweilen, bleiben in der gewohnten Lerngruppe bei derselben Lehrkraft. Ein Lehrerwechsel erfolgt ab Klasse 3. Die Jahrgänge 3 und 4 werden nicht jahrgangsübergreifend, sondern nach wie vor jahrgangsgebunden gebildet.
Am Standort Altenbochum wird seit dem Schuljahr 2012/13 in der Schuleingangsphase jahrgangsübergreifend unterrichtet. Beginnend mit dem Schuljahr 2016/17 wurde diese Organisationsform auch auf den Standort Kornharpen ausgeweitet. Insgesamt gibt es an der Lina-Morgenstern-Schule 6 Eingangsklassen, 4 in Altenbochum und 2 in Kornharpen. Je zwei Eingangsklassen bilden ein Tandem. Diese sind entweder über eine Zwischentür oder einen kleinen eigenen Flur miteinander verbunden, so dass die Bildung unterschiedlicher Lerngruppenzusammensetzungen problemlos möglich ist. Mindestens zwei Stunden täglich liegen Klassenunterrichtsstunden bei den jeweiligen Klassenlehrerinnen parallel, so dass auch kursorische Angebote oder die Bildung homogener Gruppen für bestimmte Lernangebote ohne viel organisatorischen Aufwand möglich sind.